Сериал "Внутреннее расследование" ставит перед нами тяжелый вопрос - как отличить служителя закона от преступника в погонах. В центре этой истории оказывается Рустем Зайнулин, руководитель отдела по тяжким преступлениям, которого внезапно обвиняют в убийстве собственного агента. Накануне ареста он получил от подчиненного зацепку по делу опасного преступника, но вместо задержания бандита сам оказался в наручниках.

Дело поручают полковнику Щуке, человеку старой закалки, которого буквально выдернули из отпуска. Он не рвался обратно на службу, и его методы многим кажутся устаревшими. Тем не менее, именно его назначают возглавить управление собственной безопасности в Петербурге. Теперь ему предстоит разобраться в хитросплетениях лжи и понять, действительно ли Зайнулин переступил черту или стал жертвой чьего-то расчета.

Расследование превращается в минное поле, где каждый шаг может быть последним. Щуке приходится не только искать доказательства, но и противостоять коллегам, которые уверены в виновности подозреваемого. В этой борьбе за правду старые принципы полковника сталкиваются с современными реалиями, где доверять нельзя никому.